Я XMedia Recode пользуюсь, очень хороший кодировщик, заточен под многоядерные процы, поэтому кодирует достаточно быстро. К томуже он бесплатен. И для мобильных устройств есть профили. Выбрал для какого устройства, а он сам подберет нужные параметры. Либо можно самому выбрать формат. разрешение и т.п.
